潔凈室的分類有很多，但最多的分類方法是按潔凈室的使用性質和潔凈室的氣流流型來分。

1、按潔凈室的使用性質分為：①工業潔凈室。例如電子行業、機械工業、化工工業等用的潔凈室。②生物潔凈室。例如生物制藥、食品、實驗動物飼養，潔凈手術室等。③生物安全實驗室。研究高危害性、傳染性、病菌病毒等微生物的潔凈室。

2、按潔凈室的氣流流型來分：①單向流潔凈室（垂直流向和水平流向）。②非單向流潔凈室。③混合流潔凈室（即單向流和非單向流組合氣流構成的潔凈室。）④矢流潔凈室（放射流、對角流）。